El comienzo del siglo consolidó la decadencia del género chico lo que multiplicó los esfuerzos de Chapí y exigió un aumento en su producción, en plena batalla por el afianzamiento de la Sociedad de Autores, institución que Chapí llegó a presidir y de la que se convirtió , junto a Sinesio Delgado, en verdadero motor. Gracias a ella se permitió la independencia de los creadores frente a la dictadura de los empresarios. Además se embarcó en otros proyectos frustrados de grandes dimensiones a favor de la ópera, caso del Teatro Lírico, que no llegó a cuajar. El cambio de sensibilidad del público, que demandaba una mayor inmediatez en el repertorio, le obligó a que en apenas diez años llevara a escena casi un centenar de obras. El estreno (1900), pero sobre todo El barquillero (1900) mantuvieron el espíritu del género chico original. Piezas menores como Tierra por medio, Academia militar, La guajira o Quo vadis?, todas de 1901, obtuvieron distinta acogida por el público.

Fue, sin embargo en 1902, cuando Chapí brindó tres aportaciones trascendentes: El puñao de rosas, que se ha mantenido en repertorio y La venta de Don Quijote, en la línea de la revisión del hidalgo que se produce con la Generación del 98, así como la más importante: Don Juan de Austria, en tres actos, con una música de gran calidad, dentro de un libreto lastrado por su talante obsoleto. Poco lograron hacer por el mantenimiento del género, ante la presencia cada vez más acusada del cinematógrafo, piezas como La leyenda dorada, La chica del maestro y Mademoiselle Margot, las tres de 1903, La cuna o La puñalada de 1904. Intentos de volver al modelo verista como Juan Francisco (1904), de nuevo con libreto de Joaquín Dicenta, queda como una nueva tentativa frustrada. En los años siguientes, aparecen algunas piezas estimables que, sin embargo, apenas se consolidaron en los escenarios. Ahí se encuentran algunas colaboraciones inhabituales como La guardia de honor, con libreto de Eugenio Sellés (1905), El amor en solfa (1905) con los hermanos Álvarez Quintero, que le proporcionan algunos libretos de cierto relieve; La sobresalienta (1905) que supuso una de las escasísimas aportaciones de Jacinto Benavente al teatro musical, en homenaje a María Guerrero o El triunfo de Venus (1906) en pleno furor sicalíptico, influido definitivamente por la revista, cuyo libreto es del popular Pedro Muñoz Seca.